В октябре 2005 года создана комиссия по разработке городских символов. Изобразить в гербе птицу (как в том числе и символ вертолетостроения) предложил З. А. Акберов. Л.А. Попова предложила отобразить угольную отрасль чёрными треугольниками. На рисунке - один из вариантов флага, предлагаемый в ходе разработки.

Статья Л. А. Поповой на сайте Архива города Кумертау.

Флаг города Кумертау утвержден решением Совета городского округа город Кумертау Республики Башкортостан от 21 сентября 2006 года № 13-9. Первоначально рисунок флага был другим (на синем полотнище в крыже жёлтый орёл-сапсан, внизу тонкие жёлтая (1/10 ширины полотнища) и синяя (1/5 ширины полотнища) полоски, но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3237, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №032. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос желтого, синего и желтого цвета (ширина каждой желтой полосы 1/6 длины полотнища); в середине синей полосы стоящий, обращенный к древку, с воздетыми крыльями степной сокол-сапсан желтого цвета.

Обоснование символики герба и флага города:

Герб по своему содержанию един и гармоничен: все фигуры герба символизируют исторические, географические и социально-экономические особенности города Кумертау, построенного в связи с открытием и началом разработки Бабаевского месторождения бурого угля. В переводе с башкирского языка название города звучит как «угольная гора». Поэтому название города символически изображено в гербе черными треугольниками. Кроме того, треугольник – самая устойчивая геометрическая фигура, устремленная в будущее.
Центральной фигурой герба является сокол-сапсан, символически отображающий башкирскую степь, в которой построен город. Образ сокола-сапсана также олицетворяет развитие в городе авиастроения, высоту устремлений и помыслов кумертауцев.
Золотой цвет сокола – символ силы, великодушия, достоинства и богатства.
Лазоревый цвет поля герба – символ совершенства, миролюбия, щедрости.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан

Судя по базе докментов Минюста, дата утверждения флага иная: флаг утвержден Решением Совета городского округа Кумертау от 14 июля 2006 года №11-8

3.1. Описание ФЛАГА:
Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос: желтого (у древка), синего и желтого цветов (ширина каждой желтой полосы 1/6 длины полотнища); в середине синей полосы стоящий, обращенный к древку, с воздетыми крыльями степной сокол-сапсан желтого цвета.