Флаг СП Куба утвержден Решением № 6-2 от 24 апреля 2017 года "О флаге муниципального образования сельское поселение Куба Баксанского муниципального района Кабардино-Балкарской Республики". Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 11369.

2.1. Описание флага сельского поселения Куба гласит:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба сельского поселения Куба, выполненные белым, синим, зеленым и желтым цветом».
2.2. Рисунок флага сельского поселения Куба приводится в Приложении 1 к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага сельского поселения Куба.
Флаг сельского поселения Куба создан на основе герба сельского поселения Куба и повторяет его символику.
Баксанский муниципальный район, в который входит сельское поселение Куба, расположен в северо-восточной части Кабардино-Балкарии в предгорьях Северного Кавказа.
Основание села Кубы относится к середине XVIII и началу XIX века (письменных источников, свидетельствующих об истории возникновения села нет; предполагаемая дата - 1744г.) Селение Куба расположено у правого, крутого берега старого русла р. Малка на границе со Ставропольским краем (станицы Марьинской - основанной в 1777г.)
Куба в прошлом делилась на две части: Верхняя-Агубеково (Агубэчей) и нижняя - Атажукино (Хьэтэкьущыкъуей).
Первыми поселенцами были подданные князя Атажукино, которые до переселения на берег Малки жили у восточной подошвы горы Машук, т.е. в районе современного города Пятигорска. В середине XVIII века, при строительстве на Северном Кавказе укрепленных линий и крепостей на кабардинской земле – мирные хлебопашцы покидали свои родные места от подножий горы Машук и переселились за реку Малку.
В середине XVIII в. - вначале XIX в. один из сыновей Магомеда Атажукино - Хасанбий, со своими подвластными крестьянами, переселились на правый берег Малки и основали селение, которое носило его имя – Хьэсэнбий къуажэ. В 1862г. в этом селении насчитывалось 54 двора и 580 человек. Число жителей с. Хасанбия Атажукино увеличилось за счет переселенцев из других районов Кабарды и даже Северного Кавказа. Так например, Агубековцы (аул Агубеково) располагались сначала в районе Фендуко, в 1865г. переселились на правый берег р. Малки и расположились рядом с селением князя Хасанбия Атажукино.
Так образовалось село Атажукино III. А среди народных масс его нередко называли Агубеково (Абгуэчей) или сел. Хасанби (Хьэсэнбий къуажэ). 8 июля 1920 года Атажукино III переименовано в села Куба.
Символика сельского поселения Куба связана с историей образования села, сельско-хозяйственным укладом жизни и географией села:
- история создания села Куба аллегорически показана в гербе яблоней, ствол которой образован двумя стволами, сросшимися, образно как два села, в одно;
- символика яблони многозначна: символ плодородия; символ молодости и красоты, бессмертия; символ братства и согласия;
- корни яблони - символ основания села, символ фундаментального, исторического единения природных и человеческих сил и традиций по созданию и развитию сельского поселения Куба;
- цветы яблони – символ весны, благоухания и красоты, ожидания перемен и развития;
- гора с двумя вершинами – аллегория Эльбруса (его двух пиков - 5642 м и 5621 м), являющегося самой высокой горной вершиной не только Кавказского хребта, но и России и Европы, показывает характер местности села Куба, расположенной в предгорьях Кавказа
- зеленая полоса - аллегория земель села Куба, богатых предкавказским черноземом, и природно-климатических условий, которые позволяют успешно заниматься сельским хозяйством с весомыми достижениями в выращивании высоких урожаев зерновых культур;
- основные цвета: синий (лазоревый), белый (серебро) и зеленый – совпадают с цветами флага Кабардино-Балкарской Республики, подчеркивая территориальную принадлежность сельского поселения Куба;
Применённые во флаге цвета символизируют:
Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
2.3 Авторская группа.
Идея флага: Индира Канаметова (с. Куба).
Обоснование символики: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).

По сообщению В. Пермякова