До 2012 года Краснопахороское с.п. входило в состав Подольского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Краснопахорское сельское поселение.

Флаг сельского поселения утвержден Решением Совет депутатов муниципального образования Сельское поселение Краснопахорское №2/17 от 18 декабря 2007 года "О флаге муниципального образования сельское поселение Краснопахорское Подольского муниципального района Московской области". Согласно тексту Положения о флага:

"3. Описание и обоснование символики флага сельского поселения Краснопахорское
3.1. Описание флага сельского поселения Краснопахорское:
"Прямоугольное желтое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3 и несущее в середине красную фигуру из герба сельского поселения (ширина волнистой полосы 1/10 ширины полотнища)".
3.2. Обоснование символики флага сельского поселения Краснопахорское.
Сельское поселение Краснопахорское расположено на берегах реки Пахра. Красота здешних мест издавна перешла в название многих населенных пунктов, входящих в состав поселения. Это и центр поселения село Красная Пахра, и одноименная деревня, и село и поселок Красное. На Руси слово «красное» часто ассоциировалось не с самим цветом, а с «красотой» (сравните прилагательное «прекрасный, т.е. очень красивый»). В составе поселения – 20 населенных пунктов.
Все эти особенности поселения отражены на его флаге. В нем волнистый пояс символизирует реку Пахру, цвет фигуры герба символизирует красоту здешних мест, а 20 солнечных лучей символизируют 20 населенных пунктов объединенных в поселение. Красный цвет - символ мужества, жизнеутверждающей силы, красоты, праздника – указывает на название поселения.
Символика солнца многозначна. Как источник тепла, солнце символизирует жизненную силу, страсть, храбрость и вечную молодость. Как источник света, оно символизирует знания, интеллект. Лучи солнца на флаге поселения - аллегория «солнечного ветра» - символизируют открытость людей поселения, их желание нести тепло своих сердец всем гостям поселения, подобно тому, как солнечные лучи несут тепло Земле.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
3.5. Авторская группа:
идея флага: Елена Гущина (Подольский район),
Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

Источник - http://www.podolskrn.ru/node/918

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3823.

Этот же флаг сохранился и после передачи поселения в состав Москвы.. Это оформлено Решением Совета депутатов поселения Краснопахорское в городе Москве от 21 июня 2018 года № 2/86 "Об официальном символе (флаге) поселения Краснопахорское в городе Москве"

По сообщению В. Пермякова