Красногородский район Псковского округа Ленинградской области образован в 1927 году. с 1957 года - в Псковской области. В 2005 году на территории района создано муниципальное образование "Красногородский муниципальный район". Количество городских и сельских поселений в нём с годами менялось от 7 (2005 г.) до 4 (2010 г.) и 3 (2015 г.). В 2024 году Красногородский муниципальный район преобразован в Красногородский муниципальный округ, все городские и сельские поселения в его составе утратили муниципальный статус.

Флаг Красногородского района утверждён Решением Совета депутатов Красногородского района от 29.09.2020 года № 131 и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 13478. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором воспроизведена композиция герба муниципального образования "Красногородский район", выполненная с заменой геральдических золота, серебра и червлени соответственно жёлтым, белым и красным цветами. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

Материалы геральдического архива В.Л.Маркова (г.Санкт-Петербург)