Флаг Коткозерского СП утверждён Решением Совета Коткозерского сельского поселенияот 26 августа 2013 г. № 79. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8763. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длины 2:3, воспроизводящее композицию герба в зеленом, синем, белом и желтом цветах".

По одной из версий Коткозеро получило название от финского слова "котка" - орёл. По другой версии - от саамского "куотку" - узкая полоска земли между озёрами или болотами. Герб и флаг поселения напоминают об обеих версиях лингвистической трактовки слова Коткозеро. Серебро символизирует чистоту помыслов, искренность, правдивость, надежду, непорочность, благородство. Золото - величие, постоянство, прочность, солнечный свет. Зелень - радость, жизнь, возрождение природы каждую весну, плодородие. Лазурь - красота, любовь, мир, возвышенные устремления.

Материалы геральдического архива В. Маркова