Флаг района утвержден Решением Совета депутатов Кош-Агачского района № 12-5 от 24 марта 2020 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13245. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Кош-Агачский район» с заменой геральдических золота, серебра, лазури и червлени соответственно золотым, белым, голубым и красным цветами. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Авторская группа:
Идея - на основе герба Кош-Агачского района, утвержденного в 2003 г.;
Компьютерный дизайн - А. Карпова (г. Барнаул), Ю. Росич (г. Москва);
Геральдическая доработка, обоснование символики - Ю. Росич (г. Москва).

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"