Флаг сельского поселения Коротоякское утверждён решением Совета народных депутатов Коротоякского сельского поселения №103 от 8 июня 2007 года и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под №3396. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края желтую полосу в 1/9 ширины полотнища, отстоящую на такое же расстояние от нижнего края, и вплотную к желтой полосе, над ней — изображения красной житницы с желтой кровлей, на которой желтый рог изобилия с красными садовыми розами и зелеными листьями".

"Флаг Коротоякского сельского поселения составлен на основании герба и языком символов и аллегорий отражает исторические, природные и экономические особенности Коротоякского сельского поселения.
В основе флага — символика исторического герба, пожалованного уездному городу Коротояку императрицей Екатериной Великой 21 сентября (2 октября) 1781 года, подлинное описание которого гласит:
«Въ голубомъ полъ, поставленная житница, надъ ней рогъ изобилія. (Старый гербъ)».
Город был основан в 1647 году как крепость на Белгородской засечной черте. Название крепости происходит от впадающей в том месте в Дон реки Коротояк.
Житница и золотой рог изобилия символизируют богатство, урожай и высокое плодородие коротоякских земель и отражают основной профиль занятости населения. В то же время житница на реке может ассоциироваться как с первой сторожевой заставой на Дону, так и со строительством Коротоякской крепости.
Розы — символ завершённости, полноты, совершенства и любви.
Река Дон показана голубым полем флага.
Жёлтый цвет (золото) символизирует прочность, величие, богатство, интеллект, великодушие.
Красный цвет символизирует жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту и труд.
Синий (голубой) цвет — символ возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели.

Использованы материалы сайта "История Острогожска", интерактивная энциклопедия