Коношский район впервые образован в 1929 году в составе Няндомского округа Северного края. Позже упразднён и восстановлен в 1935 году. С 1937 года входит в состав Архангельской области. В 1963-1965 гг временно существовал Коношский сельский район. В 2004 году муниципальное образование в границах района стало называться Коношский муниципальный район. В его составе созданы Коношское городское поселение и несколько сельских поселений. Областным законом от 25.02.2026 г. Коношский муниципальный район был преобразован в Коношский муниципальный округ, при этом городское и сельские поселения утратили статус муниципальных образований. Центр муниципального округа - рп. Коноша.

Флаг Коношского района утвержден решением Муниципального Совета "Коношский муниципальный район" от 21 мая 2014 года № 68 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 9462. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее посередине фигуры герба Коношского муниципального района белого коня с жёлтыми убором и плетёными коробами".
Обоснование символики флага Коношского района.
Флаг создан на основании герба Коношского муниципального района.
Посёлок Коноша был образован в 1898 году при строительстве железной дороги Вологда-Архангельск. Имя посёлок получил по реке Коноше, название которой финно-угорского происхождения. Поскольку значение древнего названия было утеряно, появилось народное толкование Коноши, как сочетания слов "конь" и "ноша". Такая трактовка быстро прижилась потому, что через территорию района издавна проходили ямщицкие тракты.
Название района отражено центральной фигурой композиции флага - конём, несущим на спине плетёный короб, что делает флаг, как и герб, гласным и в геральдике считается классическим способом создания. В геральдике конь является символом выносливости, трудолюбия, движения, стремления вперёд. Белый конь с ношей символизирует Коношу как крупный транспортный железнодорожный узел.
Белый цвет (серебро) - символ чистоту, мудрость, благородство, мир.
Жёлтый цвет (золото) - символ прочность, надёжность, стабильность.
Красный цвет - символ труда, красоты, силы, мужества. Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково);
художник: Роберт Маланичев (Москва);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).

Материалы cайта Союза геральдистов России. Текст Решения предоставлен В. Пермяковым