Кондинский район образован в 1924 году. Административным центром района до 1995 года было село Кондинское (бывш. Нахрачи). Ныне центр района - рп.Междуреченск.

Флаг Кондинского района, видимо, утвержден Решением Думы Кондинского района от 12 октября 2006 года №224. Cогласно тексту Положения о флаге:

"2.Описание и обоснование символики ФЛАГА
2.1. Описание ФЛАГА: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос - зеленого (у древка) и синего цветов.Вдоль нижнего края полотнище - горизонтальная полоса белого цвета шириной ? от ширины полотнища. В центре поверх деления зеленой и синей полос - кедр желтого цвета без корней».
2.2. Обоснование символики ФЛАГА: «верхняя часть щита рассечена на две части синего и зеленого цветов, обозначающие принадлежность к Ханты-Мансийскому автономному округу-Югре (эти же цвета –символ обилия озер и лесов).
В синем и зеленом поле – золотой кедр - символ плодородия, долголетия, богатства лесов.
В нижней части белый (серебра) цвет – символ еще не разработанных земель».

Использованы материалы базы нормативных документов Министерства Юстиции. Рисунок флага - с официального сайта Кондинского района

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2492.