Флаг Кокшайского с.п. утвержден Решением Собрания депутатов МО "Кокшайское с.п." от 1 октября 2012 года №145. Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг муниципального образования «Кокшайское сельское поселение» представляет собой: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Кокшайское сельское поселение» в синем (голубом), жёлтом и белом цветах".

По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на http://admzven.ru/kokshaisk/obshaja-informacija

Флаг Кокшайского СП внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7983.