В 1924 году был образован Невинномысский район Северо-Кавказского края. В 1959 году Невинномысский район был переименован в Кочубеевский (в честь красного командира И.А. Кочубея). В 1963-65 гг временно существовал Кочубеевский сельский район. С 2004 года существовало муниципальное образование Кочубеевский муниципальный район. В его составе вплоть до 2020 годa существовали сельские поселения, в т.ч. МО "село Кочубеевское". В 2020 году Кочубеевский муниципальный район преобразован в Кочубеевский муниципальный округ, все муниципальные образования бывшего Кочубеевского муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Кочубеевский район продолжил существование.
Конкурс на лучший проект герба и села флага Кочубеевского объявлен Постановлением главы села от 30 января 2007 года №20. Лучшим был признан проект, разработанный Е.Г.Миллером, художником-оформителем ДДЮТ с.Кочубеевское. Положение о флаге утверждено решением Совета депутатов муниципального образования село Кочубеевское от 17 августа 2007 года № 103.
Флаг муниципального образования село Кочубеевское является официальным символом муниципального образования село Кочубеевское. Положение о флаге утверждено решением Совета депутатов муниципального образования село Кочубеевское от 17августа 2007 года № 103. Флаг муниципального образования село Кочубеевское представляет собой прямоугольное полотнище в соотношении 2:3. пересеченное на три равные части. Верхняя представляет собой прямоугольное полотнище в соотношении 2:3, пересеченное на три равные части. Верхняя представляет собой изображение флага Ставропольского края, средняя часть зеленого цвета, нижняя — красная. В целом флаг повторяет цветовую гамму герба муниципального образования село Кочубеевское.
По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на официальный сайт села
Герб утвержден в том же году (видимо, решением Совета депутатов муниципального образования село Кочубеевское от 17 августа 2007 года № 103).
С 2004 года существовало муниципальное образование Кочубеевский муниципальный район.
Решением Совета Кочубеевского МР от 26 июня 2014 года № 156 был объявлен конкурс на разработку эскизов проектов герба и флага Кочубеевского района, утверждено Положении о проведении конкурса, назначена конкурсная комиссия. В тот же день Решением Совета Кочубеевского МР № 155 утверждены Положение о гербе и Положение о флаге Кочубеевского муниципального района (пока без описания символов).
Решением Совета Кочубеевского МР от 20 ноября 2014 года №172 утверждены геральдические описания и обоснования символики герба и флага района.
"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины и длины 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: зеленого (у древка) и голубого цветов, внизу – волнистая горизонтальная полоса белого цвета, в центре – две белые, с желтой отделкой казачьи шашки в ножнах, концами вверх, лезвиями к краям полотнища, скрещенные выше рукоятей, поверх которых вертикальная, желтая головка пшеничного колоса о пятнадцати зернах в столб, выше которых, выходящие на половину из-за верхнего края полотнища, желтое солнце с чередующимися прямыми и пламенеющими лучами"
Для справки приведем обоснование символики герба (соответствующее символике флага):
2. Обоснование символики Герба
2.1. Золотое солнце вверху Герба символизирует многолетнее мирное и мудрое проживание на территории района более 100 народностей и национальностей. Солнце-символ благополучия, процветания и гармонии.
Волнообразная оконечность серебряного цвета (цвет - «очищенной привязанности») внизу щита означает, что по территории района протекают большие и малые реки, берега и террасы которых дали начало для расселения разных народов и основанию нынешних станиц, сел и хуторов района. Через район также проходят Невинномысский и Большой Ставропольский канал.
Волнообразная оконечность внизу щита, объединяющая вертикальное разделение щита на две равные части означает, что главная из рек – река Кубань, которая пересекает район с юга на север, одновременно соединяет и разделяет территорию района на две части-правобережье и левобережье.
Золотой пшеничный колос означает основной вид хозяйственной деятельности предприятий района, пятнадцать его головок – пятнадцать муниципальных образований, входящих в состав Кочубеевского района.
Скрещенные рукоятью внизу казачьи шашки в ножнах - главная ценность казачества - символ вековых исторических традиций защитников Российского Государства. Территория района издавна являлась дозорным форпостом России на южной окраине Государства.
Зеленый цвет символизирует любовь, жизнь, надежду и радость. Также этот цвет символизирует удивительную и разнообразную природу района. Это заповедная гора Стрижамент - высшая точка Ставропольской возвышенности, предгорные луга южной ок-раины района и многое другое.
Голубой цвет в Гербе - цвет постоянства, широты души, чистых помыслов и миролюбия жителей, цвет надежды на дальнейшее процветание района.
По сообщению В. Пермякова.
В декабре 2014 года флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 9991.
В 2020 году Кочубеевский муниципальный район преобразован в Кочубеевский муниципальный округ.