Флаг Клинцовского района был принят Решением №136 Совета депутатов Клинцовского района от 19 марта 1999 года. Автор флага Клинцовского района - Савченко Виктор Иванович, глава Администрации Клинцовского района на тот период. Описание флага:

"Флаг Клинцовского района представляет собой прямоугольное полотнище красного, белого, голубого цветов с отношением сторон 1:0.5 . На голубой части полотнища, олицетворяющей собой мирное чистое небо, расположен золотой колос, символизирующий собой ратный подвиг тружеников села. Белый цвет - символ благородства и чистоты помыслов людей земли Клинцовской. Красный цвет - цвет мужества, стойкости, силы духа многих поколений".

Цитата с сайта "Клинцовский портал" (по сообщению К.Богатова)

Новый флаг Клинцовского муниципального района утвержден Решением Клинцовского районного Совета народных депутатов от 29 сентября 2023 года № 240 "Об утверждении Положения о гербе и флаге Клинцовского муниципального района Брянской области". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14503. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище красного цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования, чьи фигуры выполнены с заменой геральдических серебра, золота и червлени белым, желтым и красным цветами соответственно".

Материалы геральдического архива В.Маркова; фото свидетельства прислано И. Афонасенко