Флаг Клетнянского муниципального района утвержден Решением Клетнянского районного Совета народных депутатов от 29 мая 2025 г. № 9-4 "Об утверждении Положения об официальных символах (гербе и флаге) Клетнянского муниципального района Брянской области".

9.1. Описание флага Клетнянского района: "Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором воспроизводится композиция из герба Клетнянского района, выполненная с заменой геральдических червлени, серебра и золота соответственно красным, белым и желтым цветами".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику.

По информации И. Афонасенко