Кизильский район создан в 1926 году. Административный центр - село Кизильское. С 2004 года муниципальное образование именовалось Кизильский муниципальный район. В марте 2025 года Кизильский муниципальный район преобразован в Кизильский муниципальный округ.

Флаг города Кизильского района разработан авторской группой: Константин Мочёнов, Галина Туник (обоснование символики), Сергей Исаев (компьютерный дизайн). Флаг утвержден Постановлением №68 районного Совета депутатов от 24 декабря 2002 года. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по вертикали на пять равных частей (полос): в центре синюю, по сторонам от неё две красные и по краям - фиолетово-малиновые. Отделённые от красных жёлтой изогнутой полосой в виде стенных зубцов, в 1/30 длины; поверх синей и красных полос изображены две жёлтые сабли накрест в 2/3 ширины полотнища".

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №1141.

Использованы материалы книги К.Ф.Моченова и Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"
с любезного разрешения К.Ф.Моченова