Флаг Киструсского СП утвержден Решением Совета депутатов муниципального образования Киструсского сельского поселения от 12 апреля 2019 года № 4/8. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12471. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, имеющее вдоль древка вертикальную жёлтую полосу шириной 1/4 длины флага, в верхней части которой помещено изображение старинной зеленой княжеской шапки с черной опушкой, над которой - желтое украшение («городок») с красным самоцветом. На основной части полотнища воспроизведена композиция герба муниципального образования - синяя диагональная полоса с желтой каймой, изнутри волнистой, нисходящая из верхнего древкового угла флага к нижнему свободному, общей шириной несколько менее 1/3 длины флага, на которой изображен плывущий верх, сообразно полосе, желтый лещ, выше полосы изображен узкий желтый вписанный крест, а ниже её — также желтый старинный безмен, положенный крюком к древку сообразно полосе".

По информации В. Маркова.