Флаг Кисловодска утвержден Решением Думы города-курорта Кисловодск № 121-412 от 27 июля 2012 года. Его описание гласило:

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище синего цвета по центру которого располагается основная геральдическая фигура Герба городского округа города-курорта Кисловодска — Солнце жёлтого цвета. Отношения ширины Флага к его длине равно 2:3. Габаритная ширина изображения солнца на Флаге должна составлять 2/5 части длины полотнища Флага".

Геральдический совет при Президенте РФ отказался вносить этот флаг в Государственный геральдический регистр, по причине несоответствия его утвержденному гербу. Было рекомендовано дополнить флаг изображением источника.

Новое Положение о гербе города-курорта Кисловодска утверждено решением Думы города от 25 января 2013 года №17-413, согласно которому:

"2.1. Геральдическое описание Герба: В лазоревом поле вверху - золотое солнце (без изображения лица), внизу - серебряная чаша, из которой бьет серебряный источник о трех струях. Щит увенчан короной установленного образца и окружен лентой ордена Отечественной войны I-й степени.
2.2. Описание Флага: Флаг представляет собой прямоугольное полотнище синего цвета в центре которого вверху - солнце желтого цвета с чередующимися прямыми и пламенеющими лучами, ниже которого - чаша белого цвета, из которой бьет источник о трех струях белого цвета.
2.3. Толкование Герба и Флага: Кисловодск является одним из городов-курортов Кавказских Минеральных Вод и за уникальный климат, и минеральные источники был именован «городом Солнца и нарзана».
Золото (металл) символизирует справедливость, милосердие, силу и богатство. Серебро (металл) символизирует благородство, невинность, чистоту. Лазоревый (финифть) символизирует великодушие, верность, безупречность, величие, красоту, ясность.
Город-курорт Кисловодск единственный из городов-курортов Кавказских Минеральных Вод награжден Орденом Отечественной войны I степени за заслуги кисловодчан по лечению и восстановлению здоровья воинов Советской Армии в годы Великой Отечественной войны.
Золотая башенная корона с пятью зубцами - символ статуса городского округа города-курорта".

Материалы геральдического архива В.Маркова

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №8278.