Флаг Кежемского района утверждён Решением сессии Кежемского районного Совета от 4 июля 2003 года. Авторская группа: К.Мочёнов, С.Исаев, Р.Маланичев, Г.Туник. Описание флага:

"Флаг Кежемского района представляет собой красное прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящий развёрнутую гербовую композицию".
Обоснование символики
В основу флага взято историческое формирование Кежемского района. Центр района — село Кежма основано в 1665 году на реке Ангаре в устье реки Кежма как русское поселение.
Красный цвет полотнища аллегорически символизирует энергию, которая даёт жизнь району, а также это символ тепла, активности, мужества, праздника, красоты.
Выщербленная оконечность — геральдическая фигура, аллегорически показывает верхний и нижний бьефы Богучанской ГЭС.
Белый цвет (серебро) — символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Скачущий олень символизирует преодоление трудностей, стремление к совершенству.

Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 1299.

Материалы книги К.Ф.Мочёнова и Ю.В.Коржика "Гербы современной России", 2005