До 2025 года город Канск составлял МО "городской округ город Канск". Согласно Закону Красноярского края от 15 мая 2025 года город Канск стал частью Канского муниципального округа, перестав быть отдельным муниципальным образованием.

Флаг МО "город Канск" утвержден решением Канского городского Совета депутатов от 15 декабря 2010 года №11-68 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6539. Описание флага:

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображением посередине желтого снопа перевязанного красным жгутом"

Обоснование символики флага города Канска.
Флаг разработан на основе герба города Канска.
Город Канск основан в 1628 году как Канский малый острожек, построенный для охраны территорий от набегов енисейских кыргызов. Острог служил одной из баз в продвижении русских землепроходцев на Юго-Восток России. С середины XVIII столетия Канск, будучи расположен на Московском тракте, играл значительную роль в транзитной торговле и уже в 1782 году Канск получил статус города.
Исторический герб города Канск был Высочайше утвержден 8 декабря 1855 года (по старому стилю). Подлинное описание герба гласит: "Щитъ разделенъ на две равныя части, въ верхней изображенъ Енисейскiй гербъ, а въ нижней, на зеленомъ поле, золотой ржаной снопъ. Щитъ украшенъ золотою городскою короною".
Изображенный на флаге сноп не только символ сельского хозяйства и земледелия, каким он был при создании в XIX столетии, он актуален и для современного города как аллегория единства, сплоченности, общности целей и устремлений.
Орденская лента, крепящаяся к древку, указывает на то, что 04.10.1986 года указом Президиума Верховного совета СССР за успехи, достигнутые трудящимися города в хозяйственном и культурном строительстве, и в связи с 350-летием со времени основания, город Канск был награжден орденом "Знак Почета".
Восстановление композиции исторического герба с учётом современных геральдических норм символизируют преемственность поколений, неразрывность традиций; показывает бережное отношение местных жителей к своему культурному наследию.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности, уважения.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Красный цвет - символ мужества, силы, труда, красоты и праздника.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Владимир Дюков (Красноярск);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта "Союза геральдистов России"