Флаг Яйского района разработан специалистами Уральской геральдической ассоциации (А.К.Грефенштейн, В.К.Кондюрин).

По материалам сайта города Яи

Флаг Яйского района утвержден Решением Яйского районного Совета народных депутатов Кемеровской области от 21.10.2009 года № 81 "О флаге Яйского района"

"Флаг Яйского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из одной вертикальной полосы вдоль древка красного цвета шириной в 1,4 ширины полотнища и двух горизонтальных полос: верхней - синего цвета, нижней - зелёного цвета. В верхней части красной полосы размещается двухстороннее изображение герба Яйского района". Обоснование символики
Используемые цвета несут определённую смысловую нагрузку.
Красный - державность, мужество, слава (божества), кровь пролитая за отечество, энергия, сила. Принадлежность Российской Федерации, Кемеровской области.
Синий - честь, цвет Богоматери под покровительством которой находилась Россия, небесные силы, верность, постоянство, правда. Наличие водной артерии на территории района.
Зелёный - символ надежды, радости, изобилия, экологии, сельское хозяйство - ведущее направление в жизни района.

Источник - сообщение В. Маркова (2016)

В 2019 году муниципальное образование Яйский район преобразовано в Яйский муниципальный округ (соответственно Яйское городское поселение и все сельские поселения в составе района утратили муниципальный статус). Как административно-территориальное образование Яйский район продолжает существовать.

Решением Совета народных депутатов Яйского муниципального округа от 26 декабря 2019 года № 16 существующие герб и флаг Яйского муниципального района были признаны гербом и флагом Яйского муниципального округа. В документы об утверждении символов (2007 и 2009 гг) внесены соответствующие изменения: слово "район" заменено на "муниципальный округ".

По информации В. Пермякова

Символы Яйского муниципального округа вновь утверждены Решением Совета народных депутатов Яйского муниципального округа № 67-а от 25 февраля 2020 года "Об официальных символах (гербе и флаге) Яйского муниципального округа Кемеровской области - Кузбасса". Описание флага:

"Флаг Яйского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2 : 3, состоящее из одной вертикальной полосы вдоль древка красного цвета шириной в 1,4 ширины полотнища и двух горизонтальных полос: верхней - синего цвета, нижней - зеленого цвета. В верхней части красной полосы размещается двухстороннее изображение Герба Яйского муниципального округа".

По информации В. Пермякова

Новый флаг Яйского муниципального округа утвержден решением Совета народных депутатов Яйского муниципального округа от 27.08.2020 года № 150 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 13229.

Описание флага Яйского муниципального округа:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Яйского муниципального округа, выполненные зеленым, черным, белым и желтым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Яйского муниципального округа.
Флаг Яйского муниципального округа составлен основе герба Яйского муниципального округа и повторяет его символику.
Черно-зеленое поле и пнистые столбы символизируют одновременно развитое сельское хозяйство и лесозаготовки.
Заполнение крепостного контура желтым цветом выступает в качестве образного воплощения выражения «закрома Родины».
Желтое колесо символизирует значение Транссибирской магистрали и развитие.
Примененные во флаге цвета дополняют его символику:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества;
зеленый цвет символизирует весну, молодость, здоровье, природу, надежду;
черный цвет – символ мудрости, скромности, вечности бытия, природных богатств земли.

Авторская группа:
идея флага: Валентин Кондюрин, Александр Грефенштейн (оба – Екатеринбург);
геральдическая консультация: Константин Моченов (Химки);
художник: Александр Грефенштейн (Екатеринбург);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);

Материалы предоставлены Союзом геральдистов России