Флаг Истопского СП утвержден Решением Истопского сельского совета народных депутатов от 7 августа 2023 года № 4-233. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14505. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос зеленого и красного цветов, при этом вдоль верхнего края полотнища идет горизонтальная полоса черного цвета в 1/5 высоты полотнища; в центре полотнища изображены два белых с желтыми рукоятями и гардами меча накрест, причем у меча, положенного в перевязь клинком к древку, клинок выше перекрестия – пламенеющий; все сопровождено вверху поверх нижней границы черной полосы белым глазом с голубой радужной оболочкой, обремененной белым с желтой сердцевиной цветком картофеля".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику. Поэтому для справки приведем обоснование символики герба:

"... Село Истопки – древнейшее поселение района, которое было известно на Руси еще до татаро-монгольского нашествия и неоднократно упоминается в исторических источниках. Древняя история поселения, а также героизм и отвага местных жителей, которые из века в век защищают рубежи нашей Родины (и в период Древней Руси, и в годы Великой Отечественной войны, и сейчас), нашли символическое отражение в гербе в виде скрещенных мечей и красного поля щита.
Яркой достопримечательностью Истопского сельского поселения является Чернооковская криница (памятник природы регионального значения) – в гербе она аллегорически обозначена фигурой «око» (т.е. глаза) с лазоревой радужной оболочкой и главы (верхней части щита) черного цвета.
Также большую известность получили праздники села Лобановка в честь Святой Троицы и села Истопки в честь Архангела Михаила – в гербе это символически показано фигурой пламенеющего меча Святого Михаила.
Экономическую основу муниципального образования составляет сельское хозяйство – цветок картофеля, а также зеленое поле щита на это указывают языком геральдики.
Примененные в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Зеленый цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, а также символ лесов.
– Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы и энергии, красоты и праздника.
– Белый цвет (серебро) – символ совершенства, чистоты, благородства и веры.
– Желтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, великодушие.
– Черный цвет (чернь)– символ плодородия, мудрости, скромности, вечности бытия;
– Синий цвет (лазурь) – символ великодушия, возвышенных устремлений, честности, искренности, верности, добродетели и безупречности, а также цвет неба и водных объектов.

По информации И. Афонасенко