В соответствии с Законом Ставропольского края от 29 апреля 2016 года № 48-кз все муниципальные образования Ипатовского муниципального района были преобразованы в новое единое МО - "Ипатовский городской округ". Cоответственно бывшее "городское поселение г. Ипатово" уптратило статус муниципального образования

Флаг Ипатово утвержден Решением Совета депутатов Ипатово № 147 от 20 декабря 2007 года:

"В рассеченном золото-червлёном прямоугольном полотнище — шишка хмеля с листьями тех же переменных цветов, увершанная переменных цветов волютой".

В 2008 году флаг Ипатово внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3900.