Флаг Холмогойского СП утверждён Решением Думы муниципального образования «Холмогойское сельское поселение» от 27 февраля 2018 г. № 5. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11837.

"Флаг муниципального образования «Холмогойское сельское поселение» представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования с заменой геральдического золота - жёлтым, а геральдического серебра - белым цветом. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

Волнистый пояс - река Залари; «Холмогой» от бурятского «могой»-змея; три вершины - три поселения в составе муниципального образования, холмистая местность; ели - хвойные леса; колосья - выращивание зерновых.

По сообщению В. Маркова