До 2002 года существовало МО Ханкайский муниципальный район. Район назван по озеру Ханка. Центр района - с.Камень-Рыболов. В 2020 году Ханкайский муниципальный район преобразован в Ханкайский муниципальный округ с упразднением всех входивших в его состав сельских поселений.

Флаг Ханкайского района утвержден решением Думы Ханкайского муниципального округа от 27.08.2024 года № 784. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 15110.

Описание флага Ханкайского муниципального округа:
"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Ханкайского муниципального округа, выполненные синим, желтым и красным цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Ханкайского муниципального округа.
Флаг Ханкайского муниципального округа создан на основе герба Ханкайского муниципального округа и повторяет его символику.
Рыба – промысел рыбы на крупнейшем в Приморском крае озере Ханка.
Колосья – производство риса на приханкайской низменности.
Зеленый цвет – символизирует приханкайскую низменность, природные парки, богатство растительности округа.
Синий цвет (лазурь) – водная гладь озера Ханка.
Красный цвет (червленый) – символ труда, мужества, красоты и праздника.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света.

Авторская группа:
идея флага: Администрация Ханкайского муниципального округа;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва).

По информации К. Мочёнова