Флаг муниципального округа Гавань Василеостровского района Санкт-Петербурга утверждён Решением Муниципального совета МО "Гавань" от 5 апреля 2007 года №09 "Об утверждении официальных символов муниципального образования «Гавань». Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3274. Согласно тексту Положения о гербе:

"2. Описание Флага
"Флаг муниципального образования “Гавань“ представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины флага к длине – 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования “Гавань“ в синем, красном и белом цветах".

Морской конь, серебряный ключ с ушком наподобие трезубца Нептуна отражают приморское расположение МО "Гавань" и тесную связь его истории с морем. Многие топонимы, географические названия МО "Гавань" по сей день связаны с морским делом - площадь Морской славы, Галерная гавань, Шкиперский проток, Гаванская улица, Среднегаванский проспект, улица Беринга, улица Нахимова, Весельная улица… Возникающая снизу и выходящая слева серебряная стена, сложенная из камней разной формы и серебряная двухъярусная башня со сводчатой кровлей каждого яруса и шпилем - символ кроншпицев - исторической достопримечательности МО “Гавань”, установленных на оконечности молов.
Лазоревый (синий, голубой) - честность, верность, безупречность. Символ чистого неба и расположение МО "Гавань" на побережье Финского залива.
Червленый (красный) – символизирует любовь, мужество, смелость, великодушие, храбрость, неустрашимость.
Серебро - чистота помыслов, правдивость, невинность, благородство, откровенность, непорочность, надежда.

По сообщению Б.Вольфова со ссылкой на сайт программы сотрудничества органов местного самоуправления Северо-Запада России и стран Северной Европы. Рисунок предоставлен В.Марковым.