Муниципальное образование "городской округ Фрязино" создано в 2005 году, в административном отношении ему соответствует город областного подчинения Фрязино с административной территорией.

Флаг разработан авторской группой: Лев Ракчеев (г.Фрязино), Сергей Исаев (компьютерный дизайн, г.Москва). Флаг утверждён Решением Совета депутатов города Фрязино от 25 апреля 2001 года № 49 и внесён в Государственный геральдический регистр под № 759. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с голубой шиповидной полосой в 1/6 ширины полотнища вдоль нижнего края, воспроизводящее композицию гербового щита муниципального образования "Город Фрязино", смещенную к древку".
Автор флага: Лев Ракчеев (г. Фрязино). Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва)".

Использована информация и рисунки сайта Союза геральдистов России