В ходе реформы 2004-2007 гг образован "городской округ город Енисейск. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года город Енисейск включен в состав с Енисейского муниципального округа. При этом г. Енисейск утратил статус муниципального образования.

Флаг Енисейска разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден Решением муниципалитета города Енисейска № 80 от 10 июля 1998 года. Прообразом флага послужила печать Енисейского острога XVII века. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 482. Описание флага:

Флаг города Енисейска представляет собой прямоугольное двустороннее зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 и голубой полосой внизу в 1/4 высоты, с изображением фигур городского герба".

Флаг повторяет композицию утвержденного в тот же день герба города: полотнище состоит из горизонтальных полос, зеленой и синей. На верхней зеленой полосе (ее ширина в три раза больше, чем у синей) изображены два жёлтых соболя с красными глазами, держащие поставленную вертикально белую стрелу наконечником вниз. На синем поле жёлтый лук. Соотношение сторон флага - 3:2.

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России

Положение о флаге муниципального образования город Енисейск утверждено Решением Енисейского городского совета депутатов № 8-88 от 18 мая 2016 года (подтвержден флаг, утвержденный в 1998 году)

"2.1. Описание флага города Енисейска:
Прямоугольное двустороннее зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3 и голубой полосой внизу в 1/4 высоты, с изображением фигур городского герба.
В зеленом поле с лазоревой (голубой) оконечностью два золото-коричневых соболя с червлеными (красными) глазами, обращенных друг к другу, стоящие на задних лапах на золотой тетиве опрокинутого золотого лука, держащие двумя передними лапами серебряную стрелу, острием упирающуюся в тетиву.
2.2. Обоснование символики флага.
Флаг разработан на основе герба города Енисейска.

По сообщению В. Пермякова