Флаг Эмисского наслега утвержден решением наслежного Совета депутатов от 24.05.2019 года № 3. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13028.

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Эмисского наслега в синем, зелёном, жёлтом, белом и красном цветах.

Изображение старухи «Эмис эмээхсин» («Дородная старушка») - это дань уважения нашим предкам: по преданиям, именно по ее указке посыльные нашли эти плодородные земли.
Белая махалка (Дэйбиир) и Тойон Чороон на ее руках означают скотоводство и изобилие.
Богатое убранства и национальные украшения означают достаток, мудрость и власть.
Восьмиугольная фигура символизирует юрту богача Павла Новикова - Баай Бакыыьа, которую он построил в местности Бадымты для самозащиты от легендарного Василия Манчаары, что означает домашний быт и защиту.
На нижнем основании герба изображены цветки лилий, сопровожденные по краям пшеничными колосьями.
Лазоревый цвет символизирует кристально чистую воду реки Амга, а зеленый цвет - красоту и богатство природы, ее растительность.
Лилия (Сардана) – символ Амгинского улуса. Колосья пшеницы означают сельскохозяйственную направленность экономики улуса, наслега, богатство и плодородие земли.

Материалы геральдического архива В. Маркова, а также информация Р. Ахмадулина