Рабочий посёлок Еманжелинск образован в 1931 году. В 1959-1962 гг существовал Еманжелинский район (когда Еманжелинский горсовет был объединен с Еткульским районом). До 2004 года существовало МО "город Еманжелинск". В 2004 году муниципальное образование переименовано в Еманжелинский муниципальный район, в том же году в составе муниципального района созданы три городских поселения, в т.ч. и "Еманжелинское городское поселение". В марте 2025 года Еманжелинский муниципальный район преобразован в Еманжелинский муниципальный округ, Еманжелинское городское поселение упразднено.

Флаг города Еманжелинска разработан К. Моченовым (идея), Г. Туник (обоснование символики), Ю. Коржиком (компьютерный дизайн) и утвержден Постановлением городского Собрания депутатов № 215 от 20 ноября 2002 года. Описание флага:

"Прямоугольное белое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее в центре фигуру из герба города: черного лебедя с воздетыми крыльями, жёлтыми клювом и короной о пяти зубцах, плывущего по выщербленной полосе в 1/4 полотнища вдоль нижнего края, покрытой синей, окаймленной жёлтым цветом, чешуей".

Черный лебедь с золотой короной символизирует основное природное богатство региона - каменный уголь (месторождение бурого угля начало разрабатываться здесь в 1929 году), а также тепло, которое дает уголь. Волны символизируют озеро Большой Сарыкуль и реку Еманжелинку.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 1123.

Использованы материалы книги К.Ф.Моченова и Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"
с любезного разрешения К.Ф.Моченова

Флаг города Еманжелинска позже стал флагом Еманжелинского муниципального района. Это оформлено Постановлением Собрания депутатов Еманжелинского муниципального района Челябинской области от 22 июня 2005 года № 34 "О принятии Устава Еманжелинского муниципального района".

"Википедия" утверждает, что в 2005 году и образованное в составе Еманжелинского муниципального района Еманжелинское городское поселение приняло те же самые герб и флаг Решением Совета депутатов Еманжелинского городского поселения от 26.08.2005 года № 14 "О гербе и флаге Еманжелинского городского поселения".

Решением Собрания депутатов Еманжелинского муниципального округа от 24 июня 2026 г. № 233 "Об официальных символах (гербе и флаге) Еманжелинского муниципального округа Челябинской области" существующие символы, утвержденные в 2005 году, переутверждены для муниципального округа. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Еманжелинского муниципального округа, выполненные синим, черным и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Материалы геральдического архива В. Маркова