Ельнинский район образован в 1929 году. В 2004 году на территории района создано одноименное муниципальное образование (муниципальный район), в его составе образованы несколько сельских поселений, а также Ельнинское городское поселение. В 2024 году муниципальный район "Ельнинский район" преобразован в Ельнинский муниципальный округ, МО "Ельнинское городское поселение" и все сельские поселения при этом упразднены.

Флаг Ельнинского городского поселения утверждён Решением Совета депутатов Ельнинского городского поселения от 20 августа 2010 года № 40а и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 6717. Описание флага:

"Прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение трёх зелёных с чёрными стволами елей, и вдоль нижнего края — зелёную полосу в 1/5 полотнища, при этом ели отчасти расположены на фоне полосы и как бы вырастают из неё". Обоснование символики
Флаг разработан на основе герба Ельнинского городского поселения, основой которого является исторический герб города Ельня Смоленского наместничества, Высочайше утверждённый 10 (21) октября 1780 года, описание которого гласит: В верхней части щита герб Смоленский: в серебряном поле черная пушка на золотом лафете, а на пушке райская птица. В нижней — три дерева ели в белом поле, означающия имя сего города.
Восстановление исторического герба города для современного Ельнинского городского поселения подчёркивает историческую, культурную и геральдическую преемственность, неразрывную связь многих поколений жителей города; показывает внимательное отношение ельнинцев к своему наследию.
28 июля 1981 года город Ельня был награждён орденом Отечественной войны I степени. В Указе Президиума Верховного Совета СССР говорилось, что этой награды город удостоен «за мужество и стойкость, проявленные защитниками города в годы Великой Отечественной войны, активное участие трудящихся в партизанском движении и успехи, достигнутые в хозяйственном и культурном строительстве». Орденская лента, которая может крепиться к древку флага, подчёркивает значительные заслуги города.
Белый цвет (серебро) — символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зелёный цвет — символ природы, здоровья, молодости, развития.
Чёрный цвет — символ плодородия, скромности, мудрости.

Источник - Википедия. страница "флаг Ельни"

В 2024 году Ельнинский район преобразован в Ельнинский муниципальный округ. Ельнинское городское поселение как муниципальное образование упразднено.

Герб МО "Ельнинский муниципальный округ" утвержден Решением Ельнинского окружного Совета депутатов от 28.08.2025 г. № 83. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 15410. Геральдическое описание герба Ельнинского муниципального округа:

Описание флага Ельнинского муниципального округа:
"Прямоугольное полотнище белого цвета с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Ельнинского муниципального округа, выполненные в красном и зеленом цветах. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Ельнинского муниципального округа.
Флаг Ельнинского муниципального округа составлен на основании герба Ельнинского муниципального округа и повторяет его символику.
Основой герба Ельнинского муниципального округа является исторический герб города Ельня Смоленского наместничества, Высочайше утвержденный 10 октября 1780 года (по старому стилю), подлинное описание которого гласит:
"Въ верхней части щита гербъ Смоленскiй: въ серебряномъ полѣ, черная пушка, на золотомъ лафетѣ, а на пушкѣ райская птица. Въ нижней – три дерева ели въ бѣломъ полѣ, означающiя имя сего города".
Дополняет ели (гласные фигуры герба, означающие имя Ельнинского муниципального округа) – красная (червленая) полоса вдоль верхнего края полотнища, аллегорически отражая событие Великой Отечественной войны 1941-1945 годов – Ельнинскую операцию. Здесь, с середины июля 1941 года, около полутора месяцев шли оборонительные бои с немецко-фашистскими захватчиками. К концу августа, Ставкой Верховного Главнокомандования было принято решение о наступлении силами Резервного фронта, которым командовал генерал армии Г.К. Жуков. Ельнинская операция – наступление Красной Армии продолжалось с 30 августа по 8 сентября 1941 года.
На фоне неудач и потерь начала войны, этот успех имел большое морально-политическое значение. Так, по итогам сражения за Ельнинский выступ, 18 сентября 1941 года приказом Наркома обороны СССР И.В. Сталина № 308 в Красной Армии была учреждена советская гвардия.
Использования темы исторического герба города Ельни для символики современного Ельнинского муниципального округа подчеркивает историческую, культурную и геральдическую преемственность, неразрывную связь многих поколений жителей муниципального округа, показывает внимательное отношение к своему наследию.
Примененные во флаге цвета и металлы дополняют символику герба:
– белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания;
– зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, развития.
– красный цвет (червленый) – символ мужества, труда, жизненной силы, красоты и праздника.

Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник: Оксана Афанасьева (Москва);
компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Тем же документом установлено:

Признать символику Ельнинского городского поселения Ельнинского муниципального района Смоленской области, утвержденную решениями Совета депутатов Ельнинского городского поселения от 20.08.2010 г. № 40 (герб) и № 40а (флаг), внесенную в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 6716 и № 6717 соответственно – символикой населенного пункта города Ельни муниципального образования «Ельнинский муниципальный округ» Смоленской области – города Ельни.

По информации К.Ф. Моченова