Флаг Ельцовского района утвержден Решением совета депутатов от 9 декабря 2005 года №127. Автор флага - Олег Васильевич Попов. "Флаг района представляет собой полотнище, рассеченного пополам двумя цветами - белым и красным. В центре полотнища герб района. Отношение ширины флага к его длине 2:3".

Источник информации сайт Тани Табашниковой

После некоторой доработки герб Ельцовского района утвержден Решением Ельцовского Районного Совета депутатов от 22 декабря 2016 года № 39 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 11229. Описание флага:

Описание флага
"Прямоугольное двухстороннее полотнище белого цвета с отношением ширины к длине 2:3, на котором красным, белым, серым, жёлтым, оранжевым, зелёным и синим цветом, изображены фигуры из герба Ельцовского района".
Обоснование символики флага Ельцовского района.
Ельцовский район расположен на востоке Алтайского края, его жители первыми в крае встречают начало нового дня, что на флаге района отражено возникающим солнцем.
Район богат природными ресурсами, в том числе мрамором (Пуштумилский мраморный карьер). Мраморная ваза - символическое отражение применения природных богатств района.
Красный (червлёный) столб - символ многочисленных автомобильных трасс связывающих район с поселками и городами Алтайского края и Кемеровской области.
Зелёно-голубая лента - символ многочисленных таёжных рек протекающих по территории района, в том числе Чумыш, Ельцовка, Маховка, Бобровка, Шалап, Неня.
Цветовое решение полотнища и его фигур дополняют символику флага:
- белый цвет (серебро) - символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
- красный цвет (червлень) - символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника;
- жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая;
- синий цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения;
- зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Авторская группа:
Идея: Олег Попов (Ельцовский район).
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа предоставлен В. Пермяковым