Начало нынешнему городу положило "ясашное зимовье Дудино", первое упоминание о котором относится к 1667 году. Дудинка - город с 1951 года, центр Таймырского АО с 1930 года. С 2007 года существовало муниципальное образование "городское поселение город Дудинка" Таймырского Долгано-Ненецкого муниципального района. В 2025 году Таймырский Долгано-Ненецкий муниципальный район преобразован в муниципальный округ, и все поселения в его составе (в т.ч. и Дудинка) утратили муниципальный статус.

Флаг Дудинки повторяет композицию герба (герб утв.17.10.2001), утвержден Решением Городского собрания города Дудинки от 21 мая 2002 года №6-2-6 "О флаге города Дудинки и территории, подведомственной Администрации города". Флаг Дудинки внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1059.

"Флаг города Дудинки представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее в центре изображение фигур герба города; фигуры и деление смещены к древку".
Основная идея флага выражена в двух цветах и фигурах, имеющих многогранный смысл:
- синий и серебряный цвета отражают полярную ночь и полярный день;
- олень - царь природы Таймыра, символ основного занятия северянина, главный источник его благополучия;
- старинное морское парусное судно коч символизирует, что Дудинка является одним из важнейших портов Северного ледовитого пути. Синий цвет дополняет "водно-портовую" символику.
Город расположен в устье реки Енисей, изображенной геральдической фигурой поясом переменных цветов, что показывает два периода жизни реки: синий - открытая летняя вода, белый - зимний снег и лед.
Синий цвет в геральдике - символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Белая часть поля флага говорит о бескрайних северных просторах.
Белый цвет в геральдике символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимного сотрудничества.
Желтый цвет в геральдике символизирует прочность, величие, интеллект, великодушие, богатство.
Черный цвет в геральдике символизирует мудрость, свободу, вечность бытия".

Авторская группа: Валентин Слабков (город Дудинка), Константин Моченов (город Химки) – идея; Сергей Исаев (город Москва) – компьютерный дизайн.

Материалы сайта Таймырского автономного округа

После муниципальной реформы флаг был подтвержден для городского поселения Дудинка Решением Городского собраня г.Дудинка от 28 марта 2008 года №07-0333.