Даниловский район образован в 1929 году. Административный центр - Данилов. Муниципальное образование в пределах Даниловского района называлось до 2005 года "Даниловский муниципальный округ", в 2005-2024 гг - "Даниловский муниципальный район", с 2024 года - вновь "Даниловский муниципальный округ".

Флаг Даниловского района утвержден Решением Земского Собрания Даниловского муниципального района Ярославской области № 23 5 марта 2009 года. Флаг и герб района выполнены на основе исторического герба города Данилова (но для отличия от герба города внесены изменения).

По материалам сайта Администрации Даниловского муниципального района

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4836.