Первый вариант флага Чойского района утвержден Решением Чойского районного Совета депутатов от 28 ноября 2003 № 9-2 «Об итогах конкурса по символике муниципального образования «Чойский район». Описание флага:

"Флаг муниципального образования «Чойский район» условно делится на две равные части. Верхняя часть белого цвета, который символизирует Святость и Чистоту. В нижней части флага широкая изломанная линия символизирует голубые горы района. Семь вершин обозначают семь административных образований района. Тонкая волнистая линия — реки и озера (воды) района. Нижняя часть флага обрамляет наиболее распространённый орнамент народности тубаларов, проживающих на территории района.

Флаг Чойского района утвержден решением Совета депутатов муниципального образования «Чойский район» № 9-3 от 19 декабря 2019 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12859. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Чойский район» с изменением – без изображения камня в сиянии на зелёной полосе, и выполненный в жёлтом, зелёном, бордовом, голубом и белом цветах. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".

Авторская группа:
Идея герба: Т. Плотоненко (с. Сёйка, Чойский район);
геральдическая доработка: Ю. Росич (г. Москва);
компьютерный дизайна - А. Карпова (г. Барнаул), Ю. Росич (г. Москва).

Источник - ГЕРАЛЬДИКА.РУ. Текст документа предоставлен В. Пермяковым