Флаг Чарковского сельсовета утверждён решением Совета депутатов Чарковского сельсовета от 7 октября 2024 года № 132/4. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15118. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Чарковского сельсовета, выполненные белым, синим, зеленым и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Чарковского сельсовета.
Флаг Чарковского сельсовета создан на основе герба Чарковского сельсовета и повторяет его символику.
В гербе Чарковского сельсовета простым языком символов и аллегорий отражены его историко-культурные, археологические и природные особенности. Во все фигуры герба заложена многозначная символика.
Чарковский сельсовет – сельское поселение в Усть-Абаканском районе Хакасии. Административный центр – аал Чарков, расположенное у входа реки Уйбат в степную часть Минусинской котловины. Аал берет свое начало с далекого 1703 года, когда три брата (Панок, Ле, Илья) Чарковы искали для своего рода место для расположения.
История Чарковского сельсовета глубока и многогранна, ее следы отчетливо видны на древней земле, которые представлены для людей как достопримечательности, это Камень Мессершмидта, памятный знак – Стелла Мессершмидта, родовое коллективное захоронение Чаа тас и аал Чарков. Кун тас – Солнцеликий камень, находится в окрестностях аала Чарков. Множество археологических памятников Чарковского сельсовета изображенные в гербе в виде четырех золотых каменных стел, наклонно стоящих на зеленой земле, символизируя, неразрывную многовековую связь истории из глубины веков до настоящего времени.
Камень – символ непоколебимости, упорства, твердости и вечности.
Солнце – источник тепла, мира и согласия; расположенное в верхней части герба, солнце аллегорически «изливает на людей свою благодать, поток жизнетворческих сил».
Волнообразно разделенная белым и синим цветами полоса вдоль верхнего края полотнища флага Чарковского сельсовета перекликается с цветами герба и флага Усть-Абаканского района. Подобная глава изображена в гербах всех сельсоветов Усть-Абаканского района, тем самым создавая геральдическое единство Усть-Абаканского района.
Красный (червленый) цвет поля герба – символ мужества, самоотверженности, красоты, справедливой борьбы и жизни.
Зеленая часть флага символизирует природу Чарковского сельсовета, его сельскохозяйственный уклад, а также это символ надежды, благополучия и здоровья.
Таким образом, флаг Чарковского сельсовета языком символов и аллегорий показывает связь поколений и бережное отношение местных жителей к своему прошлому, настоящему и устремление в будущее.
Примененные во флаге цвета (металлы) дополняют символику:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, богатства, величия, постоянства, прочности, силы, великодушия, интеллекта и солнечного света;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения;
синий (лазоревый) цвет – символ чистого неба;
красный (червленый) цвет – символ жизненной силы, огня, труда, мужества и стойкости;
зеленый цвет – символизирует весну, здоровье, природу, экологию молодость, радость и надежду.

Авторская группа:
идея флага: администрация Чарковского сельсовета, Совет депутатов Чарковского сельсовета;
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Екатерина Моченова (Москва).

По информации К. Мочёнова