Чаинский район создан в 1924 году. С 1944 года он входит в Томскую область. В 2004 году МО "Чаинский район" наделено статусом муниципального района. В его составе созданы несколько сельских поселений. С 2024 года официальное наименование - Чаинский муниципальный район.

Судя по фотографиям флагов у команд района на спортивных соревнованиях, флаг района белый с изображеним герба.

Фото - https://tomsk.gov.ru/