Флаг Черниговского СП утвержден решением № 112 Совета МО "Черниговского сельского поселения" от 19 марта 2012 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7615. Согласно тексту Положения о флаге:

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Черниговского сельского поселения Апшеронского района в синем (голубом), зеленом, белом, жёлтом и чёрном цветах".

Обоснование символики герба
Герб и флаг языком символов и аллегорий отражают исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Черниговское сельское поселение расположено в горной зоне Краснодарского края, среди лиственных лесов в долине реки Пшеха.
Бурная горная река и многочисленные речушки, впадающие в неё, аллегорически отражены серебряной (белой) зазубренной перевязью.
Зазубренная перевязь напоминает пилу и аллегорически указывает на лесозаготовительные предприятия и организации, благодаря которым образованы населённые пункты поселения.
В лесах поселения изобилуют целебные травы, грибы и разнообразные деревья, среди которых преобладает бук, на что и указывает изображение листьев бука с плодами. Бук является воплощением здоровья, а также символизирует процветание, стойкость и полноту жизненных сил. Количество листьев также аллегорически указывает на пять населённых пунктов в составе поселения. Собранные в звезду листья бука аллегорически говорят об общности интересов жителей всех населённых пунктов поселения. Плоды символизируют молодое поколение, надежду на него.
Изображение косули указывает на большое количество этих животных в окрестных лесах поселения, а также па разнообразный животный мир, населяющий эти леса. Косуля олицетворяет дружелюбие и окружающую красоту природы, символизирует истину, разум, стремительность и динамичность.
Зелёная часть герба символизирует поросшие разнообразными деревьями и кустами горные склоны поселения, надежду, возрождение, молодость.
Лазурь (синий цвет) символизирует - чистое небо, веру, искренность, добродетель, возвышенные устремления.
Золото (жёлтый цвет) символизирует величие, богатство и процветание, прочность, а также говорит о верности, славе и заслугах жителей сельского поселения.
Серебро - символ мудрости, совершенства, чистоты»
Автор герба, изображение и обоснование символики: В. Нагаевский (Тихорецк).

Материалы предоставлены М.Шаруновым