Прежнее, немецкое, имя города - Инстербург.
Флаг Черняховского района представляет собой полотнище из трех вертикальных полос: красной, белой и зеленой. В центре герб Черняховского района (2002; "В серебряном поле на зелёной земле идущий чёрный медведь, сопровождаемый во главе золотыми литерами G и F, между которыми и слева от которых положено по малому золотому безанту. Щитодержатель - охотник, обращенный вправо, с золотой бородой в зелёной одежде с золотой перевязью, держащий в правой руке золотой рог без ремня, возникающий из-за щита".)
Прообразом герба стал немецкий герб Инстербурга
По изображению флага на сайте Интернет-магазина WWW.KUPIFLAG.RU
Зелено-бело-красный флаг как региональный символ существует в Пруссии с XVII века. Цвета его, видимо, повторяют цвета древнепрусского боевого флага, описанного в "Прусской хронике" Симона Грунау (1529 г.). В хронике Каспара Хеннеберга (1584 г.) уже приведен раскрашенный рисунок этого знамени. Зеленый, белый и красный цвета соответствуют цветам древних прусских богов: красный - громовержцу Перкунсу, белый - богу потустороннего мира Патолсу, зеленый - богу жизни и весны Потримпсу.
В последующие годы муниципальный статус территории несколько раз менялся: с 2004 по 2008 - "городской округ", с 2008 по 2016 г. - вновь "муниципальный район". С января 2016 года все муниципальные образования в составе бывшего Черняховского муниципального района объединены в единое МО - Черняховский городской округ.
С января 2016 года все муниципальные образования в составе бывшего Черняховского муниципального района объединены в единое МО - Черняховский городской округ.
Решением окружного Совета депутатов муниципального образования "Черняховский городской округ" № 85 от 31 октября 2019 года с герба муниципального образования удалены литеры "G.F". Вероятно (???) то же самое сделано и с флагом.
С 1 января 2022 года статус муниципального образования изменен, теперь это Черняховский муниципальный округ. Изменений в символике не последовало.
Флаг Черняховского муниципального округа утвержден Решением Окружного совета депутатов МО "Черняховский МО" от 22 августа 2023 г. № 63 "О внесении изменений и дополнений в решение окружного Совета депутатов муниципального образования «Черняховский городской округ» от 31 октября 2019 г. № 85 "О символике муниципального образования «Черняховский городской округ". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14709. В новом Положении о флаге дано такое описание символа:
3. Геральдическое описание флага и обоснование символики флага
муниципального образования «Черняховский муниципальный округ Калининградской области»
3.1. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: белого (вверху, шириной ? ширины полотнища) и зеленого цветов, в центре которого – идущий к древку медведь черного цвета.
3.2 Обоснование символики:
- зеленый цвет флага (зелень) ассоциируется с луговой травой, землей и на флаге указывает на изобилие, надежду на лучшее, радость, воспитание, дружбу и честь;
- белый цвет флага (серебро) указывает на благородство, откровенность, чистоту, правдивость и свободу.
В центре полотнища размещен идущий к древку медведь черного цвета, символ смелости, мужества, величия.
Материалы геральдического архива В. Маркова.