Чебаркульский район основан 18 января 1935 года. С 2004 года муниципальное образование именовалось Чебаркульский муниципальный район. В марте 2025 года Чебаркульский муниципальный район преобразован в Чебаркульский муниципальный округ.

Флаг МО "Чебаркульский район" утвержден решением Чебаркульского районного Совета депутатов от 25 марта 2003 года (№96). Авторы флага: Сергей Бургучёв (г.Чебаркуль, идея), Константин Моченов (г.Химки, геральдическая доработка), Галина Туник (г.Москва, обоснование символики), Роберт Маланичев (г.Москва, художник), Сергей Исаев (г.Москва, компьютерный дизайн). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №1242. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на три неравные полосы: верхнюю красную в 1/5 ширины полотнища, дугообразно сужающуюся к углу древка и так же расширяющуюся до 2/5 у свободного края полотнища, среднюю зеленую в 3/5 и нижнюю синюю в 1/5 ширины полотнища, воспроизводящее в центре гербовую композицию: жёлтого токующего глухаря, стоящего на синей полосе, и посередине границы красной и зелёной полос - жёлтый хлеб с белой солонкой"

Материалы книги К.Ф.Моченова и Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"