Большемуртинский район образован в 1924 году. В 2005 году муниципальное образование в пределах Большемуртинского района получило статус муниципального района, в его составе образованы городское поселение поселок Большая Мурта и несколько сельских поселений. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года Большемуртинский и Сухобузимский муниципальные районы объединены в Большемуртинско-Сухобузимский муниципальный округ. Все муниципалитеты первого уровня в границах районов при этом упразднены. Административным центром обновленного муниципального округа стал городской посёлок Большая Мурта.
Флаг Большемуртинского района утвержден Решением Большемуртинского райсовета депутатов № 18-143 от 10 июля 2012 г. Согласно тексту Положения о гербе:
"2. Описание и обоснование символики флага Большемуртинского района
2.1. Описание флага Большемуртинского района: «Прямоугольное полотнище красного цвета с отношением ширины к длине 2:3, вдоль нижнего края которого – белая полоса шириной 2/15 ширины полотнища, над которой желтый орел с расправленными крыльями».
2.2. Рисунок флага Большемуртинского района приводится в приложении, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага Большемуртинского района.
Символика фигур флага многозначна.
Орел с расправленными крыльями похож на карту Большемуртинского района, занимает центральное место в промышленно-хозяйственном поясе Красноярского края. Орел - типичный представитель фауны района, символизирующий стойкость, прозорливость, благополучие жителей района.
Красный цвет - созвучен названию региона Красноярский край. Красный (красивый) - это красивейшая природа района с ее богатством и многообразием живописной местности, окруженной полями, лесами и плодородными землями. Красный - это пролитая кровь жителей района в 1918-1920гг и годы Великой Отечественной войны 1941-1945гг.
Желтый цвет - символ богатства природных ресурсов района (золото, бурый уголь, лес, природные заказники, сельское хозяйство). Желтый цвет - символ власти достоинства, урожая и стабильности.
Белый цвет - символика многозначна:
-это аллегория могучей Сибирской реки Енисей, протекающей с юга на север через весь район;
-это основная транспортная артерия района - Енисейский тракт;
-это основа, опора многих начинаний жителей.
2.4. Авторская группа:
Владимир Дюков, Юлия Кулишева, Анастасия Дюкова, Александра Дюкова ( все Красноярск), Константин Моченов, Оксана Афанасьева (оба Москва)"
Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)
На сайте Союза геральдистов России приведено другое художественное исполнение этого флага, художник - Анна Гарсия (Москва). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7950.