Существовало решение Собрания депутатов Боковского района от 17.04.2014 № 213 "Об утверждении официальных символов муниципального образования "Боковский район" и порядке официального использования указанных символов" (утратило силу в 2017 г).

Проектный вариант флага района, рассматривавшийся в 2017 году. Золотой пояс – символ реки Дон, его богатств, за счет которых столетиями жили местные жители; Серебряный волнистый пояс – река Чир, проходящая по всему району;

Флаг Боковского района утвержден Решением Собрания депутатов района от 11 июля 2017 года № 180. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 11565. Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага Боковского района:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Боковского района в синем, красном и желтом цветах.
Авторская группа:
идея флага: Сергей Лукьянов (ст. Боковская), Олег Тесля (г. Таганрог)
компьютерный дизайн: Олег Дмитриев (г. Таганрог)
обоснование символики: Олег Тесля (г. Таганрог)

По материалам геральдического архива В.Маркова cо ссылкой на http://bokovskaya.donland.ru/Default.aspx?pageid=146421 [приведена первая версия решения]