Богучанский район образован в 1924 году. В 2005 году муниципальное образование в пределах Богучанского района получило статус муниципального района, в его составе образованы несколько сельских поселений. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года Богучанский муниципальный район преобразован в Богучанский муниципальный округ. Все муниципалитеты первого уровня в границах района при этом упразднены.

Флаг Богучанского района утвержден Решением Богучанского районного Совета депутатов от 4 декабря 2020 года № 5/1-18. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 13359.

"2.1. Описание флага Богучанского района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба Богучанского района, выполненные зеленым, жёлтым, синим и белым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».
...
2.3. Обоснование символики флага Богучанского района.
Флаг Богучанского района разработан на основе герба Богучанского района и повторяет его многозначную символику.
Богучанский район расположен на северо-востоке Красноярского края вдоль реки Ангара. Богучанский район - один из наиболее богатых природными ресурсами территорий Красноярского края. Здесь есть реки, многочисленные леса, месторождения природного газа, железных руд, цветных и редких металлов, угля, нерудных полезных ископаемых. По условия проживания район приравнен к районам Крайнего Севера.
В 1933 году открывается первый в районе леспромхоз и начинается развитие лесной промышленности, которая до настоящего времени является социально-экономической базой района. Богучанский район обладает весьма развитой промышленностью: Богучанский алюминиевый завод, Богучанский газоперерабатывающий завод, целлюлозно-бумажный комбинат и другие предприятия.
Символика флага Богучанского района отражает его географию, природные богатства, прошлое и настоящее и потому многозначна:
- соболь – не только традиционный символ Сибири, но издавна неофициально был в местной символике. К тому же, первоначально малоблагоприятные для земледелия, природно-климатические условия определяли местное население к пушному промыслу и рыболовству. Соболь символизирует богатую фауну Богучанского района, как кладезь природных сокровищ.
- сосновая ветка в лапах соболя символизирует леса Богучанского района - практически вся территория покрыта хвойными лесами, среди которых особую ценность представляет знаменитая ангарская сосна – аллегория лесной промышленности района;
- серебряные ступени – аллегория условий проживания Богучанского района, приравненного к районам Крайнего Севера;
- соболь, поднимающийся по серебряным ступеням – символ развития, восхождения, обновления, преодоления суровых природных условий, аллегорически показывает устремленность Богучанского района в будущее;
- лазоревая перевязь с волнами, напоминающими речные буруны – символ своенравной реки Ангары, с именем которой связано много местных легенд.
Зеленый цвет – символ природы, экологии, молодости, обновления, надежды и здоровья.
Синий цвет (лазурь) – символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
Желтый цвет (золото)– символ высшей ценности жизни, величия, богатства, урожая, стабильности.
2.4. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Владимир Дюков (Красноярск);
художник: Анна Гарсия, Оксана Афанасьева (обе - Москва);
компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

Источник - информация В. Пермякова.

После образования Богучанского муниципального округа (2025) Богучанский окружной Совет депутатов принял Решение № 4/1-52 от 12 ноября 2025 года "О переходе официальных символов Богучанскому муниципальному округу Красноярского края". Как ясно из названия решения, флагом Богучанского муниципального округа стал флаг бывшего Богучанского района, утвержденный 4.12.2020 г.

Источник - официальный сайт Богучанского МО