Город Бодайбо основан в 1863 году как Бодайбинская резиденция, обслуживающая Стефано-Афанасьевский прииск. Район образован в 1926 года. Муниципальное образование "город Бодайбо и район" в 2004 году получило статус муниципального района, а в его составе образованы муниципальные образования Артёмовское, Балахнинское, Бодайбинское, Кропоткинское и Мамаканское (ГП) и Жуинское (СП).

Про официальный флаг района нам ничего не известно. Но неофициально в качестве районного флага используется красное полотнище с изображением герба.

Фото прислано В. Пермяковым