Флаг Бижбулякского района утвержден решением Совета муниципального района Бижбулякский район Республики Башкортостан от 12 июля 2006 года № 102. Первоначально флаг был другим, ромб с сурком изображался в центре сине-зелёного биколора, изображений ковыля не было..., но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был изменён. Флаг внесен в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан с присвоением регистрационного номера 040 и в Государственный геральдический регистр Российской Федерации с присвоением регистрационного номера 3204. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого - окантованный желтым цветом ромб зеленого цвета с выпуклыми сторонами, к каждому углу которого снаружи примыкает зерно желтого цвета; внутри ромба - сидящий на задних лапах сурок-байбак желтого цвета в пол-оборота к древку.

Обоснование символики герба и флага Бижбулякского района:

В основу композиции герба Бижбулякского района положены особенности его экономического развития и природные условия.
Центральной фигурой герба является золотой сурок-байбак. Это обусловлено тем, что в 1989 году на территории Бижбулякского района создан Государственный заказник по охране популяции сурка-байбака, занесенного в Красную книгу Южного Урала. Заезжающих в район со стороны столицы Республики Башкортостан города Уфы на склоне холмов встречают десятки рыжих столбиков до полуметра высоты. Передние лапки прижаты к груди, на мордочках - любопытство. Настоящие часовые. Это сурок-байбак так приветливо встречает гостей. Не удивительно, что они облюбовали эти места - заповедные, спокойные и экологически чистые. И для нор лучше места не найти - каменистые холмы. Просто поразительно, какой силой обладают на вид очень уютные зверьки: вокруг норы не только щебенка разбросана, но и вполне приличные по весу камни. Поэтому сурок-байбак символизирует в гербе силу и упорство в достижении цели и бережное отношение к природе, как основе жизнедеятельности и благополучия человечества.
Основное занятие населения - земледелие, которое символически передают стилизованные изображения золотых зерен, что одновременно символизирует трудолюбие, богатство и процветание.
Район расположен в южной части Бугульминско-Белебеевской возвышенности и относится к Предуральской степной зоне.
Данное обстоятельство отражено в гербе стилизованным изображением серебряного ковыля - символа степи, который одновременно символизирует в гербе простор и широту души, степное раздолье, на котором земледельцы выращивают добрые урожаи.
Зеленый цвет символически отражает изобилие, плодородие, покой и мир.
Лазоревой цвет щита герба символизирует красоту, величие, верность, а также развитие, движение вперед.
Золотой цвет элементов, изображенных на гербе, символизирует справедливость, милосердие.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан