Белохолуницкий район образован в 1929 году в составе Вятского округа Нижегородского края. С 1934 года - в составе Кировского края (с 1936 г. - области). В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района. К 2006 году в его составе образованы Белохолуницкое городское поселение и несколько сельских поселений. Областным законом от 25.11.2025 года район преобразован в Белохолуницкий муниципальный округ. Все муниципальные образования 1-го уровня (городские и сельские поселения) упразднены.

Флаг Белохолуницкого муниципального района утвержден Решением Белохолуницкой районной Думы Кировской области от 12 декабря 2007 года № 179 . Согласно утвержденному тогда же Положению о флаге:

"Флаг Белохолуницкого муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением сторон (ширины к длине) 2:3, воспроизводящее герб Белохолуницкого муниципального района в зелёном, жёлтом, белом, чёрном и голубом цветах".

Флаг Белохолуницкого района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 4284.

Использованы материалы сайта "ВИКИПЕДИИ". Текст решения - из базы нормативных документов Минюста.