Балахна основана в XV веке, с 1536 года - город. Балахнинский район образован в 1929 году (упразднялся в 1962-1968 гг.). В ходе муниципальной реформы 2004-2006 гг создан Балахнинский муниципальный район, а в его составе 4 городских поселения (город Балахна, рабочий посёлок Большое Козино, рабочий посёлок Гидроторф, рабочий посёлок Малое Козино) и несколько сельских поселений. В мае 2020 года Балахнинский муниципальный район преобразован в Балахнинский муниципальный округ. Соответственно все бывшие муниципальные образования первого уровня в составе района упразднены. Как административная единица Балахнинский район продолжил существование.

Нам пока не известно ничего об официальном флаге Балахнинского муниципального округа. Неофициально используется белый флаг с гербом Балахны.

Фото прислано В. Попоски