Леденгский район образован в 1929 году в составе Северного края, с 1937 года – в Вологодской области. В 1941 году район переименован в Бабушкинский. В 2004 году создано муниципальное образование "Бабушкинский муниципальный район".

Флаг района утверждён Решением Комитета самоуправления Бабушкинского муниципального района Вологодской области от 27 декабря 2002 года № 60 "О гербе и флаге Бабушкинского муниципального района Вологодской области" и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1238.

Флаг Бабушкинского муниципального района представляет собой голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района с зеленой полосой вдоль верхней стороны в 1 /3 ширины флага.

По материалам сервера Вологодской области

Решением Представительного Собрания Бабушкинского муниципального района от 27 октября 2006 года № 75 в Решение о гербе и флаге (2002 г.) внесены некоторые изменения, не затронувшие собственно символов района.

По сообщению В. Маркова

В 2022 году Бабушкинский муниципальный район был преобразован в Бабушкинский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Бабушкинский район сохранился.