Бабаевский район образован в 1927 году в Ленинградской области, с 1937 года – в Вологодской области. В 2004 году создано муниципальное образование "Бабаевский муниципальный район".

Флаг Бабаевского района утвержден Решением Бабаевского районного Собрания представителей от 11 октября 2002 года №124. Описание флага:

флаг Бабаевского муниципального района представляет собой красно-зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2x3, несущее изображение фигур герба района в упрощенной версии.

Символика флага:
за основу флага Бабаевского муниципального района взят современный герб Бабаевского муниципального района, составленный и употребляемый в соответствии с правилами геральдики, описание которого гласит: «Красно-зеленое поле рассекает лазоревая (голубая, синяя) лента. В средней части щита, в виде узла - серебряная нить (связь), верхняя часть которой состоит из золотых хлебных зерен».
Красный фон флага означает любовь, мужество.
Зеленый - символ богатства, радости, свободы.
Синий - символ возвышенных устремлений, великодушие и искренность.
Белый (серебряный) символ совершенства, прочности, мира, взаимосотрудничества.
Желтый (золотой) символ богатства, величия, справедливости, веры в будущее.
Автор флага: Матвеев Владимир Петрович (г. Бабаево).

Материалы любезно предоставлены Ю.Коржиком (г.Воронеж, СГР)

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 1136.

В 2022 году Бабаевский муниципальный район был преобразован в Бабаевский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Бабаевский район сохранился.

Флаг муниципального округа утвержден Решением Представительного Собрания Бабаевского муниципального округа от 15 ноября 2022 года № 72 "Об утверждении Положений о гербе и флаге муниципального образования Бабаевский муниципальный округ Вологодской области". Фактически для округа подтвержден существующий флаг Бабаевского района.

3. Флаг муниципального округа представляет собой красно-зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2 x 3, несущее изображение фигур герба округа в упрощенной версии.
4. С левой стороны Флаг муниципального округа имеет полосу для крепления древка.

Cобрание законодательства Вологодской области