Флаг Баягантайского 2-го наслега утвержден Решением наслежного Совета депутатов № 4 от 27 марта 2021 года.

Ветви дерева образуют якутский узор, двойной корень символизирует объединение двух наслегов.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 13730.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)