Флаг Атнарского сельского поселения утвержден решением Собрания депутатов Атнарского сельского поселения Красночетайского района Чувашской Республики от 25 июня 2019 года № 5. Описание флага согласно тексту Положения о флаге:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Атнарского сельского поселения в красном, синем, жёлтом и белом цветах".

Авторская группа: художник и автор идеи флага: Вадим Шипунов; компьютерный дизайн: Дмитрий Шипунов (оба – Мариинский Посад);

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12797.

По сообщению В. Шипунова