В 2006-2017 гг. существовало Аннинское сельское поселение с центром в поселке Новоселье. В 2017 году поселок получил статус "городского поселка", соответственно поменялось и наименование поселения.

Флаг Аннинского городского поселения утвержден Решением Совета депутатов МО от 31 января 2017 года № 4 "Об утверждении Положения о флаге МО Аннинское ГП.

3.1. Описание Флага МО Аннинское городское поселение гласит:
Прямоугольное двухстороннее полотнище, разделенное на две горизонтальных полосы одинаковой ширины, воспроизводящих цвета герба Аннинского городского поселения, синий (вверху) и зеленый (внизу). По центру полотнища изображение герба МО Аннинское городское поселение: в зеленом поле с лазоревой главой, обремененной золотой короной о трех видимых трилистых зубцах, золотой сноп, сопровождаемый по сторонам и внизу тремя золотыми вырубными крестами. Длина и ширина полотнища исполняется в соотношении 2:3. Высота герба и флага кратны 0,4.
3.2. Обоснование символики Флага МО Аннинское городское поселение:
Флаг по своему содержанию един и гармоничен: цвета его полей, лазурный и зеленый, являются цветами неба и земли. Изображение в центре флага повторяет фигуры герба поселения.

По сообщению В. Пермякова

Новый вариант флага утвержден Решением Совета депутатов МО от 26 апреля 2017 года № 24 "Об внесении изменений в решение от 31.01.2017 г. № 4...".

3.1. Описание Флага МО Аннинское городское поселение:
Прямоугольное полотнище с соотнесением ширины к длине как 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней - синего цвета, шириной 1/4 ширины полотнища, и нижней, зеленого цвета; в центре синей полосы - корона желтого цвета с тремя трилистными зубцами, в центре зеленой полосы - сноп желтого цвета, окруженный по сторонам и внизу тремя вырубными крестами желтого цвета.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11372.

По сообщению В. Пермякова